網站結構的規劃在網站設計中佔有非常重要的地位。一個結構合理的網站，不但可以提高多使用者的訪問速度，而且對網站的持續開發、後期維護都起著非常重要的作用。
網站的內容和連結設計都是邏輯意義上的設計。在物理意義上，網站是儲存在磁碟上的檔案和資料夾的組合，這些檔案包括 HTML 檔案以及各種格式的影象、音訊和視訊檔案。如果這麼多檔案雜亂無章地存放在伺服器的硬碟上，必然會給網站的維護與擴充帶來障礙。合理的站點結構，能夠加快對網站的設計、管理，提高工作效率，節省時間。網站的規劃是將網站上所有的檔案組織成合理的檔案目錄結構。規劃網站的目錄結構時，通常遵循一定的規則:
(l) 按欄目內容分別建立子資料夾。一般來說，用資料夾合理構建檔案的結構方法是: 先為網站建立一個根目錄: 然後在其中建立多個子資料夾: 再將檔案分門別類地儲存到相應的資料夾下，必要時，可以建立多級子資料夾。
(2) 資源按類存放在不同的資料夾中。
(3) 資料夾的層次不要太深，以免系統維護時查詢麻煩。
(4) 避免用中文命名檔案或資料夾。儘管中文命名對於使用漢語的多使用者來說更清晰易懂，但因為很多 Intemet 伺服器使用的是英文作業系統，不能對中文件名和資料夾名提供很好的支援，以至於可能導致瀏覽錯誤或訪問失敗。
(5) 在每個主目錄下都建立獨立 Images 目錄。一般來說，一個網站設計根目錄下都有一個預設的 Images 目錄。將所有圖片都存放在這個目錄裡很不方便，比如在刪除欄目時，圖片的處理相當麻煩。所以為每個主欄目建立一個獨立的 Images 目錄是很必要的。
（6) 其他需要注意的還有：目錄的層次不要太深，一般不要超過 3 層; 不要使用中文目錄名，使用中文目錄名可能對網址的正確顯示造成困難; 不要使用過長的目錄名，太長的名字不便於記憶；儘量使用意義明確的目錄名，以便於記憶和管理，使用簡單的英文單詞或者漢語拼音及其縮寫形式做目錄名是一個不錯的主意。